La CNEC, en su calidad de órgano de consulta y colaboración del Estado mexicano en el diseño e implementación de políticas públicas, establece Comisiones Mixtas de trabajo con dependencias de gobierno, tanto federal (tales como Pemex, CFE, CONAGUA, entre otros) como estatal o municipal, integradas por funcionarios públicos designados por el organismo y por representantes de la Cámara especialistas en las áreas requeridas.

Para ello, la CNEC considera fundamental formalizar los acuerdos estratégicos con la organización, a través de la firma de Convenios de Colaboración, así como dar seguimiento a los ya existentes.